Luego de que ya has colocado todas la imágenes en las distintas capas, es necesario que guardes el proyecto:
Para guardar tu proyecto como animación debes en primer lugar pulsar "guardar como" en el menú desplegable: "File" - "Save as".
Luego que ingresas "guardar como", verás un menú en el que se te pregunta cómo deseas guardarlo. Allí debes indicar que deseas guardarlo como imagen GIF como lo indica la imagen explicativa. 
Finalmente te pregunta si deseas guardar el proyecto como una imagen plana o como una animación, allí debes indicar la segunda opción "Save as animation" como se muestra arriba.
Como último paso se desplegará al cuadro arriba detallado en el que se te pregunta cuántos milisegunos deseas que pasen entre fotograma y fotograma. El que se presenta como predeterminado es adecuado, por lo que alcanza en este paso con dar aceptar: "Save".Con esto quedará guardado tu proyecto como una animación, ahora sólo debes abrirla y disfrutar de ella.