El territorio que hoy comprende el departamento de Tacuarembó estuvo habitado desde épocas remotas por diferentes pueblos originarios.
Un vestigio de estos son los múltiples "cerritos de indios" que se encuentra en el departamento y el propio nombre del departamento de origen guaraní, reflejándose también en su escudo con el cerro Batoví, que en voz Guaraní significa "Seno virgen".
En 1832 se funda la ciudad de Tacuarembó con el nombre de "Villa San Fructuoso" y en 1837 se aprueba la creación del departamento de Tacuarembó y Salto separándose de Paysandú.