La diversidad taxonómica es la más aparente para el observador en un ecosistema.

Cuando se estudia la biodiversidad a este nivel se hace referencia al número de taxones presentes en el sistema. La diversidad taxonómica puede considerarse a nivel de especies, género, familias, órdenes, etc.

La especie es la unidad básica de clasificación, y es uno de los niveles más usados al considerar la diversidad biológica.

La diversidad de especies, suele ser entendida como el número de especies presentes en determinado lugar y se denomina riqueza de especies o riqueza específica.

Un biólogo podría estudiar en una  laguna la diversidad a nivel de clases de animales  y por ejemplo  encontraría aves y peces óseos. Dentro de la clase de aves podría estudiar la diversidad de especies por ejemplo: Phoenicopterus chilensis (flamenco), Cygnus  melancoryphus ( Cisne de cuello negro), Egretta thula (garza blanca chica).