Los líquenes se reproducen en forma asexual y sexual.

En el primer caso (asexual), se produce por fragmentación del cuerpo vegetativo o por medio de estructuras llamadas soredios.

Cada soredio está formado por unas pocas células algales reunidas por hifas fúngicas que pueden ser dispersadas por el viento.

Durante la reproducción sexual, solo la parte fúngica del liquen se reproduce mediante esporas.

Cualquier espora que germine debe encontrar las células de algas necesarias en el medio ambiente.

Dado que esto no siempre es eficiente, los hongos dependen en gran medida de la reproducción asexual por propagación vegetativa.

Evolutivamente, se cree que esta estrategia de vida existe desde la era devónica, hace unos 400 millones de años.

Hoy en día existen más de 11.000 especies de hongos que participan en asociaciones liquénicas.

La capacidad de colonización de los líquenes es una función ecológica fundamental para la salud de los ecosistemas, pues permite la entrada de materia orgánica a lugares inhóspitos para la vida, como un escorial volcánico, donde eventualmente los líquenes pioneros favorecerán la formación de suelo.