Finalmente...
Los diputados orientales que fueron elegidos en el Congreso de Tres Cruces llegaron a Buenos Aires, presentaron sus credenciales ante la Asamblea General y, con las excepciones de Larrañaga y Gómez Fonseca, fueron rechazados con el argumento de que habían sido elegidos al margen de las disposiciones dictadas al respecto.
Que el argumento era apenas un pretexto queda demostrado en el hecho de que otros representantes provinciales electos con iguales irregularidades que los orientales fueron aceptados sin protesta alguna.
La verdadera causa del rechazo estaba en el programa federal que sostenían en las Instrucciones del año XIII y que colisionaba frontalmente con las ideas de la mayoría alverista, predominante en el seno de la Asamblea General.
Las Instrucciones que llevaban los diputados orientales estaban teniendo una repercusión mucho mayor que la que el propio Artigas había previsto. Copias de estas ya circulaban por Santa Fe y, seguramente, por las otras provincias del litoral, en las que el federalismo se extendía vigorosamente.
El diputado oriental Felipe Santiago Cardoso, desde la capital porteña y siguiendo con toda probabilidad órdenes expresas de Artigas, se comunicaba con líderes provinciales para hacerles conocer el programa federal e invitarlos a que se sumaran a este.
Luego de esto, Artigas envió un oficio al Triunvirato criticando fuertemente sus disposiciones, lo que conllevó a una mayor ruptura entre el caudillo y el gobierno porteño y el gobierno bonaerense decidió encarcelar al diputado oriental Felipe Santiago Cardoso por actividades subversivas.