La respiración branquial es característica de los animales que habitan en medios acuáticos, a excepción de los que mencionamos en el apartado de respiración pulmonar.
Los peces y otros animales acuáticos, como algunos moluscos y anfibios, necesitan órganos especializados para obtener el oxigeno presente en el agua: las branquias o agallas.
Las branquias están situados detrás de la cabeza y aspecto es el de pequeñas láminas dispuestas unas encima de otras, con múltiples vasos sanguíneos en su estructura.
Las branquias se presentan en dos formas: la más común es la de apéndices ramificados de gran superficie relativa, como se presentan, por ejemplo, en moluscos, anélidos y larvas acuáticas de salamandras y tritones, o larvas acuáticas de insectos.
La otra forma es la que se observa en el conjunto heterogéneo de vertebrados acuáticos que se denomina peces.
En éstos las branquias son estructuras especializadas organizadas entre las hendiduras faríngeas, o hendiduras branquiales, orificios que comunican lateralmente el tubo digestivo con el exterior.
El agua que entra por la boca sale por las hendiduras, oxigenando la sangre que circula por vasos que recorren los tabiques situados entre ellas, que son las branquias.
En cualquiera de las dos formas, las branquias pueden quedar más o menos protegidas dentro de una cavidad abierta por la que se hace circular el agua.
Es el caso, por ejemplo, de los moluscos, donde la cavidad paleal que contiene a las branquias intercambia agua con el ambiente sólo a través de conductos llamados sifones.
También es el caso de los peces óseos, donde las branquias quedan protegidas externamente por una extensión de la pared corporal llamada opérculo.
En los tiburones, por el contrario, las hendiduras branquiales son visibles externamente.