En los pulmones es donde se realiza el intercambio gaseoso en aquellos seres vivos que tienen respiración pulmonar, mientras que las branquias son las que permiten ese mismo intercambio gaseoso, pero en muchos animales acuáticos que tienen respiración branquial.
La piel es el órgano a través del cual algunos organismos pequeños, que tienen respiración cutánea, toman el oxígeno directamente del ambiente.
Las plantas también respiran, realizando el proceso a través de los estomas (que son unas aberturas de las hojas y de las partes verdes de las plantas) y de otra serie de aberturas en la corteza de tallos, llamadas lenticelas, o raíces (pelos radicales).
El estómago no interviene en el proceso de la respiración, (es un órgano que forma parte del aparato digestivo), y el corazón, si bien es el impulsor de la sangre, la cual, a través de los glóbulos rojos, lleva el oxígeno a todas las células del organismo, tampoco forma parte del aparato respiratorio.